位於東京八丈島近海的”太平洋浮標”是一處用於將全世界警察監控探頭連接起來的海洋設施。為了正式啟動，與歐洲的警察組織歐洲刑警組織所管轄的網路連接，世界各國的工程師集結於此。對某種”新技術”進行了測試。另一方面，柯南及少年偵探團受園子的邀請來到八丈島賞鯨。此時柯南接到沖矢昴（赤井秀一）打來的電話，歐洲刑警組織的職員在德國被琴酒殺害。感到不安的柯南在潛入設施內後，發生一名女性工程師被黑衣組織綁架的事件....！而且她擁有，記錄著某個訊息的 USB 傳到了組織的手裡...。以及，灰原哀身邊也有黑影悄悄靠近她。